Il sintomo principale è il prurito che, soprattutto nelle fasi acute infiammatorie, può essere molto intenso e rappresenta un grande problema per il bambino, non solo perché condiziona pesantemente la sua vita (sonno disturbato o assente, irritabilità etc.) ma perché lo induce a grattarsi intensamente, provocando sulle lesioni da grattamento l'insorgenza di sovrainfezioni batteriche e fungine che complicano seriamente la malattia. La pelle dei bambini con Eczema Atopico è predisposta più di altre alla colonizzazione da parte dello Stafilococco aureo, un batterio che può aggravare la malattia danneggiando la barriera cutanea e determinando uno stato infiammatorio; si calcola che lo Stafilococco è isolabile in circa il 90% dei pazienti con Dermatite Atopica. Gli altri sintomi sono rappresentati dalle lesioni eczematose - che nel lattante si manifestano soprattutto al volto (con risparmio dell'area intorno alla bocca), mentre nei bambini più grandi alle pieghe flessorie (es. gambe e braccia) - dalla xerosi o secchezza cutanea, e dalla lichenificazione della pelle.